Ich habe es gerade mal ausprobiert. Eine mit F-Droid installierte App lässt sich am PC (augenscheinlich) mit ADB löschen.
adb uninstall paket.name
Wobei paket.namedurch den Namen der entsprechenden App zu ersetzen ist. Den Namen findet man z.B. in den Einstellungen bei den Apps. Alle installierten Apps kann man sich mit adb shell pm list packages anzeigen lassen.
Aber nichtsdestotrotz sollte das eigentlich problemlos unter Android auf dem Zielgerät funktionieren.