Hola, las opciones para desarrollador están dedicadas a que los desarrolladores hagan pruebas, no está pensado para que sea una configuración persistente, puede que en algunas ROM sí sean persistentes, pero por lo general no lo son, tendrás que cambiarlas cada vez que inicies el teléfono.
Al no ser persistentes se evita posibles problemas si un usuario cambia algo que no debe y no sabe o no puede revertirlo.
Por otra parte, existe un framework de gestión de permisos oculto, denominado AppOps, que proporciona un control algo más detallado de las operaciones (similares a los permisos) en el cual puedes deshabilitar “ejecutar en segundo plano” a las apps que quieras.
Ya me dices si quieres saber más sobre esto, para no extender demasiado esta respuesta.
Saludos